Même sans saut de ligne, l'intégralité d'un texte saisi dans l'éditeur de texte de Ckeditor sera inséré automatiquement dans un paragraphe après sauvegarde.

Ceci est le fonctionnement par défaut et est recommandé par Ckeditor, cela dit, 3 modes sont possibles, à paramétrer dans le fichier config.js via la propriété config.enterMode :

    CKEDITOR.ENTER_P  –> fonctionnement par défaut-Entoure les blocs de texte par un paragraphe;
    CKEDITOR.ENTER_DIV –> Entour les blocs de texte par un <div></div>.
    CKEDITOR.ENTER_BR –> Ajout de <br/> sur saut de ligne;

Paramétrage du fichier config.js pour gérer comportement de ckeditor sur le saut de ligne

CKEDITOR.editorConfig = function( config )
{
   // Modifier ci dessous la configuration par défaut
   config.language = 'fr';
   config.enterMode = CKEDITOR.ENTER_BR;
}

source : Documentation CKEditor

Afficher en javascript le contenu de l'editeur CKeditor – getData()

Code HTML :

<textarea name="txt1" id="texte-nouvelle" cols="120" rows="120"> 
  mon texte par défaut
</textarea>
<div id="btn_apercu">Aperçu </div>  

Code JQuery :

Déclaration de ckeditor dans l'oblet editor qui remplace l'input textarea de name txt1.
Affichage en alert du contenu de l'éditeur via la propriété getData()

$(document).ready(function(){
   editor=CKEDITOR.replace( 'txt1',
                                {                                       
                                 forcePasteAsPlainText : true,
                                 width   : '100%',
                                 uiColor : '#f5f3de'                        
                                 });
  $('#btn_apercu').click(function(){
    alert ('contenu de ckeditor : '+editor.getData());
  }); 
});

Ci dessous le code complet, en rouge le paramètre manquant.

/*
* @example An iframe-based dialog with custom button handling logics.
*/
( function() {
    CKEDITOR.plugins.add( 'MediaEmbed',
    {
        requires: [ 'iframedialog' ],
        init: function( editor )
        {
           var me = this;
           CKEDITOR.dialog.add( 'MediaEmbedDialog', function (editor)
           {
    
              return {
                 title : 'Embed Media Dialog',
                 minWidth : 550,
                 minHeight : 200,
                 contents :
                       [
                          {
                             id : 'iframe',
                             label : 'Embed Media',
                             expand : true,
                             elements :
                                   [
                                      {
                     type : 'html',
                     id : 'pageMediaEmbed',
                     label : 'Embed Media',
                     style : 'width : 100%;',
                  
                     html : '<iframe src="'+me.path+'dialogs/mediaembed.html" frameborder="0" name="iframeMediaEmbed" 
                               id="iframeMediaEmbed" allowtransparency="1" style="width:100%;margin:0;padding:0;">
                             </iframe>'
                   }
                                   ]
                          }
                       ],
                  onOk : function()
                 {
    for (var i=0; i<window.frames.length; i++) {
       if(window.frames[i].name == 'iframeMediaEmbed') {
          var content = window.frames[i].document.getElementById("embed").value;
       }
    }
    final_html = 'MediaEmbedInsertData|---' + escape('<div class="media_embed">'+content+'</div>') + '---|MediaEmbedInsertData';
                    editor.insertHtml(final_html);
                    updated_editor_data = editor.getData();
                    clean_editor_data = updated_editor_data.replace(final_html,'<div class="media_embed">'+content+'</div>');
                    editor.setData(clean_editor_data);
                 }
              };
           } );

            editor.addCommand( 'MediaEmbed', new CKEDITOR.dialogCommand( 'MediaEmbedDialog' ) );

            editor.ui.addButton( 'MediaEmbed',
            {
                label: 'Embed Media',
                command: 'MediaEmbed',
                icon: this.path + 'images/icon.gif'
            } );
        }
    } );
} )();

CKEDITOR.stylesSet.add( 'my_styles',
[
// Block-level styles
{ name : 'Blue Title', element : 'h2', styles : { 'color' : 'Blue' } },
{ name : 'Red Title' , element : 'h3', styles : { 'color' : 'Red' } },

// Inline styles
{ name : 'CSS Style', element : 'span', attributes : { 'class' : 'my_style' } },
{ name : 'Marker: Yellow', element : 'span', styles : { 'background-color' : 'Yellow' } }
]);

http://docs.cksource.com/CKEditor_3.x/Howto/Styles_List_Customization

CKEDITOR.replace('description',{
         uiColor : '#be0930',
         width   : '750px',
         height  : '400px'       
 });

Une erreur dans les paramètres de configuration pourra avoir généré ce message d'erreur

Vous pouvez modifier vous même les paramètres de configuration par défaut de CkEditor dans le fichier config.js, en affectant le français par défaut, la couleur du cadre de l'éditeur, le contenu par défaut de la barre d'outils (vous pouvez même définit plusieurs barre d'outils avec différents contenu d'outils)

Configuration de CkEditor dans le fichier config.js

CKEDITOR.editorConfig = function( config )
{
    config.language = 'fr'; // Lanque défaut
    config.uiColor = '#eee';// Couleur de l'éditeur
    config.width = 600;     / Largeur de l'éditeur

    config.toolbar = 'MyToolbar_defaut';
    config.toolbar_MyToolbar_defaut =
    [    
    ['Bold','Italic','Underline','Strike','-'],
    config.toolbar = 'MyToolbar_user';

    ];
    config.toolbar_MyToolbar_user =
    [    
    ['Bold','Italic','Underline','Strike','-'],
    ['NumberedList','BulletedList','-','Outdent','Indent'],
    ['JustifyLeft','JustifyCenter'],
    ];

};

Au moment de l'affichage de l'editeur, vous pouvez aussi redéfinir et personnaliser contextuellement les paramètres de configuration de ckeditor. 
Dans l'exemple ci après, je change la barre d'outil par défaut, la hauteur , largeur et la couleur de mon editeur ckeditor.

Configuration de ckeditor au moment de l'appel de l'editeur :

<textarea name="texte-nouvelle" id="texte-nouvelle" cols="120" rows="120"> 
  mon texte par défaut
</textarea>
<script type="text/javascript">            
     CKEDITOR.replace('texte-nouvelle',{
                       uiColor : '#be0930',
                       width   : '750px',
                       height  : '400px',
                       toolbar : 'MyToolbar_user'
                       });
</script>   

Dans le fichier config.js situé dans le répertoire racine de ckeditor rajouter la ligne:

config.ForcePasteAsPlainText = true;

Je ne confirme pas son bon fonctionnement …

Voire même je confirme qu'avec ma version ckeditor 3.5.3 cela ne fonctionne pas, par contre en rajoutant "ForcePasteAsPlainText " directement lors de la déclaration du textarea, on obtient bien un code nettoyé de ses balises HTML lors d'un copier/coller dans l'editeur CKeditor :

<textarea name="txt1" id="txt1"> </textarea>                          
<script type="text/javascript">
     CKEDITOR.replace( 'txt1',
         {
          toolbar : 'MaToolBar',
          height  : '400px',
          width   : '740px',                                      
          forcePasteAsPlainText : true                                          
          }
      );                  
</script>